在和网友的互动当中，不少朋友前来咨询的第一个问题都是：医院治疗幽门螺杆菌一直不见好呢？幽门螺杆菌一直清不掉，这是困扰不少感染者的难题。
针对这一问题，医学界已经展开了丰富的研究，并且总结出了几点“原因”。
1.1患者相关因素
1.1.1幽门螺杆菌的耐药性
患者感染的幽门螺杆菌菌株对所用的抗生素耐药是造成治疗失败的主要因素。研究发现，幽门螺杆菌的根除率在复治者比初治者明显下降，同样的治疗方案，随着时间的推移，幽门螺杆菌的根除率逐步降低；部分一线治疗失败的患者，进入二线治疗后仍无法奏效，根本原因是幽门螺杆菌对部分抗生素日益严重的耐药性。
在世界范围内幽门螺杆菌对甲硝唑的耐药率已呈较普遍趋势，平均已达到30%~40%（20%~85%）左右，甲硝唑原发耐药国外报道为25%～50%，我国包括北京、广州等大城市的甲硝唑耐药率基本上都在50%以上，上海地区也从年的42%上升到年的85%，尤多见于女性，这可能与甲硝唑的大量使用有关；如应用质子泵抑制剂或铋剂合并2种抗生素（其中之一含甲硝唑）的三联疗法根除幽门螺杆菌方案，对甲硝唑耐药的幽门螺杆菌菌株感染者中的根除率平均比敏感菌株感染者的根除率要低30%，有报道国内治疗失败的患者%甲硝唑耐药。
幽门螺杆菌对克拉霉素耐药性也正呈上升趋势，克拉霉素原发耐药国外报道为5%~40%不等，国内报道为4.8%～8%，但目前已有逐步上升之势；由于克拉霉素抗幽门螺杆菌作用强，在三联或四联的联合疗法中起主要作用，故克拉霉素耐药对疗效的影响比甲硝唑更大，如在质子泵抑制剂、克拉霉素、阿莫西林三联疗法方案中，对克拉霉素敏感的幽门螺杆菌根除率可达80%～90%，而对克拉霉素耐药的幽门螺杆菌根除率仅为25%～50%。近年来，幽门螺杆菌对阿莫西林、四环素、呋喃唑酮的原发耐药也有部分报道，但总的耐药性仍是低的。
1.1.2患者的依从性
患者未按要求完成疗程、不定时服药、减少量等均可导致根除治疗失败。一些患者本身临床症状较重，根除治疗药物的不良反应可能会加重其临床症状而使得患者不能坚持服药，对这些患者可暂缓根除幽门螺杆菌治疗。同时给患者根除幽门螺杆菌治疗时要向患者强调按要求完成疗程的重要性，以获得患者的配合。
1.1.3
幽门螺杆菌菌株应用同样的根除方案，幽门螺杆菌cagA阳性菌株较cagA阴性菌株更容易根除。
1.1.4疾病
一些研究表明，消化性溃疡患者的幽门螺杆菌的根除率稍高于功能性消化不良，大约5%～10%左右。
1.2治疗相关因素
治疗方案药物组成、剂量、疗程是决定幽门螺杆菌根除疗效的重要因素。如含有克拉霉素的根除方案，其幽门螺杆菌根除率就比其他方案平均高10%左右。以质子泵抑制剂为基础的根除幽门螺杆菌三联方案的疗程也有不同，欧洲和亚太地区推荐7天疗程，而美国则推荐10～14天疗程。
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