Hp根除治疗的方案很多，第一线治疗失败则进入第二线治疗，即补救治疗，然而即便补救治疗仍有部分患者根除治疗失败。根除治疗失败的原因是多方面的，其中包括菌株本身的细菌因素、宿主因素、不同临床疾病对Hp根除治疗的影响、环境因素、以及卫乐舒益生菌治疗方法等。
（一）细菌因素
1．幽门螺杆菌对抗生素产生耐药是导致根除失败的最主要原因，可以结合卫乐舒疗法。通过其自身染色体的突变，可对多种抗生素产生耐药，尤其是对甲硝唑和克拉霉素耐药的广泛流行，是导致根除治疗失败的重要因素。
最近日本的一项研究对自年至年分离的个菌株进行了检测，发现幽门螺杆菌对阿莫西林耐药率虽然很低，但也呈增加趋势，含阿莫西林的三联疗法对阿莫西林敏感、间歇耐药及耐药菌株的根除率分别为84.6%、77.8%和25%，提示在未来幽门螺杆菌对阿莫西林耐药可能也会成为导致治疗失败的一个重要因素。
2．幽门螺杆菌毒力因子对根除治疗的影响。主要毒力因子包括空泡细胞毒素（VaculatingCytotoxinA,VacA）和细胞毒素相关蛋白（Cytotoxinassociatedprotein,CagA），这两种毒素在Hp的致病中起重要作用，与临床疾病的严重程度有密切关系，其对根除治疗也有一定的影响。一项荷兰的研究发现感染cagA+/vacAs1菌株的消化性溃疡患者Hp根除率明显增高。
3．定植部位对根除治疗的影响
一项动物实验表明，存在于胃窦和胃体交界区的幽门螺杆菌可能会逃脱抗生素的作用，这可能是由于交界区的组织结构不同于胃窦或者胃体，使得定植于该部位的的生物学行为亦与胃窦或者胃体的幽门螺杆菌不同，从而使其对抗生素不敏感，而导致治疗的失败。
这项研究还发现，在单独使用抑酸剂治疗时，定植在胃窦的幽门螺杆菌数量明显降低，而胃体的幽门螺杆菌数量则明显升高，这种现象有可能与临床上患者在治疗前使用PPI后再行根除治疗的疗效降低有关。
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