临床检验幽门螺杆菌的方法有三种：抽血检测血液中幽门螺杆菌的抗体；胃镜取出胃黏液标本，检验活菌体；口服含13C或14C的尿素，一段时间后呼气检验含13C或14C的二氧化碳的浓度，因为若存在幽门螺杆菌，尿素将被其特异的尿素酶分解为氨和二氧化碳，二氧化碳通过血液由肺呼出。
一旦在一个消化性溃疡人上检测出幽门螺杆菌，正常的程序是根除它，并使溃疡愈合。标准的一线治疗是一个为期一周的“三联疗法”组成为质子泵抑制剂如奥美拉唑和抗生素克拉霉素和阿莫西林。
三联疗法的各种变化已经发展了很多年，如使用不同的质子泵抑制剂，如泮托拉唑或雷贝拉唑，在对青霉素过敏的人或用甲硝唑替代阿莫西林。这已经彻底改变了消化性溃疡的治疗方法并使得疾病的治愈成为可能。过去唯一的选择是单独使用H2受体阻抗剂或质子泵抑制剂等抗酸剂控制溃疡症状。
越来越多的感染者被发现感染具有抗药性的细菌。这将导致初期治疗的失败，而需要增加额外的几轮抗生素治疗或使用可替代的策略，如一个四联疗法，这增加一个铋胶体，如次水杨酸铋。对克拉霉素抗药性菌株的治疗中，已建议使用左氧氟沙星作为治疗的一部分。
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